home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00593 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  55 lines
  1. **************************************
  2. * Sigma-54 factors family signatures *
  3. **************************************
  4.  
  5. Sigma factors [1] are bacterial transcription initiation factors  that promote
  6. the attachment of the core RNA polymerase to specific initiation sites and are
  7. then released.  They  alter  the  specificity  of  promoter  recognition. Most
  8. bacteria express a multiplicity of sigma factors. Two of these factors, sigma-
  9. 70 (gene  rpoD),  generally  known  as the major or primary sigma factor,  and
  10. sigma-54 (gene  rpoN  or  ntrA)  direct the transcription of a wide variety of
  11. genes. The    other  sigma  factors,  known  as alternative sigma factors, are
  12. required for the transcription of specific subsets of genes.
  13.  
  14. With regard  to  sequence  similarity,  sigma  factors can be grouped into two
  15. classes: the  sigma-54  and  sigma-70  families.  The sigma-70 family has many
  16. different sigma  factors  (see  the  relevant  section).  The sigma-54  family
  17. consists exclusively  of  sigma-54 factor [2,3] required for the transcription
  18. of promoters  that  have  a  characteristic  -24 and -12 consensus recognition
  19. element but  which  are  devoid of the typical -10,-35 sequences recognized by
  20. the major  sigma factors. The sigma-54  factor is  also characterized  by  its
  21. interaction with  ATP-dependent  positive  regulatory  proteins  that  bind to
  22. upstream activating sequences.
  23.  
  24. Structurally sigma-54 factors consist of three distinct regions:
  25.  
  26.  - A relatively well  conserved N-terminal glutamine-rich region  of about  50
  27.    residues that contains a potential leucine zipper motif.
  28.  - A region of variable length which is not well conserved.
  29.  - A well conserved C-terminal region  of about  350  residues that contains a
  30.    second potential leucine zipper, a potential DNA-binding 'helix-turn-helix'
  31.    motif and a perfectly conserved octapeptide whose function is not known.
  32.  
  33. We  developed  two signature patterns  for  this family  of sigma factors. The
  34. first starts  two  residues before the N-terminal extremity of the helix-turn-
  35. helix region and ends two residues before its C-terminal extremity. The second
  36. is the conserved octapeptide.
  37.  
  38. -Consensus pattern: P-[LIVM]-x-[LIVM]-x(2)-[LIVM]-A-x(2)-[LIVM]-x-[LIVM]-H-x-
  39.                     S-T-[LIVM]-S-R
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42.  
  43. -Consensus pattern: R-R-T-V-[AT]-K-Y-R
  44. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  45. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  46.  
  47. -Last update: June 1994 / Text revised.
  48.  
  49. [ 1] Helmann J.D., Chamberlin M.J.
  50.      Annu. Rev. Biochem. 57:839-872(1988).
  51. [ 2] Thoeny B., Hennecke H.
  52.      FEMS Microbiol. Rev. 5:341-358(1989).
  53. [ 3] Merrick M.J.
  54.      Mol. Microbiol. 10:903-909(1993).
  55.